【主线剧情】终于从灰原手中得到解毒剂试制品的柯南,恢复成了新一的状态,和兰以及众同学前往京都。在清水寺高台,新一一行人遇到了女演员鞍知景子一行,并得知一位姓出栗的男子曾经在此坠落。景子请求新一帮忙查明出栗的真正死因,而新一正准备调查时,不久却发生了命案,犯案现场被比拟成了天狗传说。新一在药效过了之后,急忙藏身于房间床底,并通过服部骗过了同学们。第二天,柯南醒来并再次吃下解毒剂恢复身体,随后,他和服部听到了鞍知的朋友阿贺田的惊叫声……连着两起案件似乎并没有其他线索,此外,由于解药的药性和自身的抗体,新一需要规律性服药。不久,大冈红叶的登场带来了新的案件,在一群网络水军受雇在街上制造“天狗暴乱”之后,新一等一行人再次遇到了新的惨剧……