Sheppardov tím prechádza bránou na ďalšiu misiu a zistí, že sú na ďalšej z antických základní. Vyzerá to, že na planéte žijú Antikovia. Prichádza teda aj dr. Weirová, ale pri odchode tímu zistí Oberoth, vodca rasy Asuranov, že ľudia pochádzajú z Atlantídy. Nechá ich teda zajať. John a jeho tím zistia, že Asuranov vyvinuli Antikovia pre boj s Wraithami, lenže celý experiment sa im vymkol z rúk a rozhodli sa teda Asuranov vyhladiť. Asurania sú vlastne ľudskí replikátor a chcú teraz Atlantídu kvôli pomste zničiť...