Il Team Plasma è ancora al lavoro sul suo piano malvagio: catturare i Pokémon per usarli come cavie da laboratorio con il fine ultimo di dominare il mondo. Due seguaci del Team Plasma, Schwarz e Weiss, sono di ritorno al loro quartier generale portando con sé un Braviary prigioniero, quando si imbattono in un blocco stradale allestito da N che usa il diversivo per irrompere nel furgone e liberare Braviary.